ӨСІМДІКТІҢ БИОЛОГИЯЛЫҚ МАТЕРИАЛЫНАН ДНҚ-НЫ БӨЛІП АЛУДЫҢ ӘРТҮРЛІ ӘДІСТЕРІ

Өсімдіктің көптеген түрлерінен ДНҚ-ны бөліп алу полисахаридтер мен полифенолдар тәрізді екінші ретті метаболиттердің, сондай-ақ үлгідегі белоктар, майлар және ингибиторлардың концентрациясына байланысты өте қиын болып есептелінеді . Жоғары тазартылған, әрі ішінде ингибиторлық қоспалары  жоқ  ДНҚ-ны алу үшін бөліп алудың әлдеқайда қолайлы әдістерін пайдалану қажет. Бұл мәселені шешудің бірнеше әдістері бар, сондай-ақ олардың коммерциялық жиынтықтары да жасалынған [1, 2]. Сондықтан зертханалық тәжірибелік жолмен ДНҚ-ны бөліп алудың қолайлы әдісін таңдау қажеттілігі туындайды. Біздің зерттеу жұмысымызда септориоз саңырауқұлақ культураларынан ДНҚ-ны бөліп алудың қолайлы сызбанұсқаларынан іріктеу бойынша мынадай әдістер қолданылды:

- фенол/хлороформның келесі экстракциясымен додецилсульфат қолданылатын детергентті-ферментті әдіс;

- фенолдың келесі экстракциясымен Tween-20 детергентін қолдану;

- Nonidet P-40 детергенті және хлороформның келесі экстракциясы бар, еріткіш буферді пайдалану;

- цетилүшметиламмоний бромид детергенті қолданылатын модифицирленген әдіс.

Бірінші әдіс кейінгі фенолды депротеинизациясымен белоктық құрылымды еріту үшін протейназа К ферментін пайдалануға негізделген [3]. Екінші әдіс бактериялардан алынған ДНҚ экстракциясын Tween-20 детергенті ретінде пайдалану қарастырылды. Tween-20 детергенті клеткалық мембрананы жақсы ерітеді, бірақ ядро қабырғасына әлсіз әсер етеді, егер бактериялық клеткада ядро қабығы болмайтынын ескерсек, бұл қолайлы нұсқа.

Зерттеуде жоғарыда аталған үшінші және төртінші әдістер қолданылғанда детергенттер ретінде Nonidet P-40 және цетилүшметиламмоний бромиді детергенті пайдаланылды. Цетилүшметиламмоний бромид детергенті ретінде пайдалануға негізделген әдіс клеткалық мембрананы жақсы ерітеді. Сонымен қатар, оны қолдану цетилүшметиламмоний бромидтің катысуындағы ерігіштігінің қаншалықты ерекшеленетініне байланысты полисахаридтер мен ДНҚ-ны бөлуге мүмкіндік береді. Нуклеин қышқылдарының тұздылығы цетилүшметиламмоний бромид ерітінді комплексімен бірге жоғарғы концентрацияда тұрақтылыққа айналады. Концентрацияны төмендеткен жағдайда тұздар NaCl 0,4 м төмен болғанда, цетилүшметиламмоний бромиді/ нуклеин қышқылы комплексі тұнбаға айналады, онда полисахаридтердің үлкен бөлігі ерітіндіде қалады.

Қолайлы әдістермен жұмыс жасау барысындағы басты мақсат - препарат тазалығы мен концентрация.

Septoria саңырауқұлақтарынан ДНҚ-ны бөліп алғаннан кейін жоғарыда келтірілген әдістермен үлгіге спектрофотометриялық сапалық және сандық сараптама жүргізілді. Нуклеин қышқылдары үшін сіңіріп алудың жоғарғы көрсеткіштері 260 нм-лік ұзын толқында тіркелді. ДНҚ препараты қоспалардан тәуелсіз саналғандықтан қатынас мөлшері Е260/280 болғанда 1,8-ге тең немесе жоғары болды. Егер бұл көрсеткіш төмен көрсетілген болса,онда үлгі белокпен немесе фенолмен ластанғанын білдіреді. Nonidet P-40 және Tween-80 детергенттерін пайдаланылып алынған саңырауқұлақ культураларының ДНҚ үлгілері жоғары сапалы болып шықпады. 260-280 нм-лік толқын ұзындығында оптикалық тығыздықтың арақатынасы орта есеппен 1,65-1,7 құрады,  себебі ДНҚ-ның белок немесе басқа да қоспалармен ластанғандығын көрсетеді. Алынған нәтижелер бұл әдістердің тиімсіз екендігінің дәлелі.

Цетилүшметиламмоний бромид детергентімен мицелиалды қоспа жасау барысында жоғары нәтижелер алынды. Сонымен, зерттеу жұмыстары көрсеткендей, біздің мақсатымызға қолайлы әдіс - детергент ретінде цетилүшметиламмоний бромиді болып табылды.

Әдебиеттер:

1.         Генная инженерия растений. Лабораторное руко­водство / под ред. Дж. Дрейпера, Р. Скотта, Ф. Армитиджа, Р. Уолдена. - М.: Мир, 1991. 124 с.

2.         Сомма, М. Анализ образцов пищевых продуктов на присутствие генетически модифицированных органимов. Сессия . Выделение и очистка ДНК / Всемирная организация здравоохранения. Евро­пейское региональное бюро. 20 с.

3.         Cheng, Y-J. An efficient protocol for genomic DNA extraction from Citrus species / Y-J. Cheng, W-W. Guo, H-L. Yi et al. // Plant Mol Biol Rep. 2003. V. 21. Р. 177a-g.

Ғылыми жетекші:

Ауылшаруашылығы ғылымдарының кандидаты Бейшова Индира Салтанқызы.